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PAPER INFO

Title Removal of interference MS/MS spectra for accurate quantification in isobaric tag-based proteomics

Authors Iwasaki M, Tabata T, Kawahara Y, Ishihama Y, Nakagawa M
Journal Journal of proteome research, April, 2019
内容
iTRAQやTMTといった比較定量用のラベル化手法は特に近年多く用いられていますが、定量精度が低いという問題があります。定量精度が低くなる原因は、複数のペプチドイオン由来のラベル体ピークを定量に用いてしまうことです。いくつかの解決法はありますが、ここではRiMS法(Removal of interference MS/MS spectra)という手法を提案し、Perl言語で書いたスクリプトを公開しました。Purity>80%とRiMSを組み合わせると、同定数の減少を抑えて定量精度が上がるので、現在は組み合わせた手法で解析を行っています。
感想
岩崎が初めてコレスポ(責任著者)として執筆した論文です。2019/01/30にsubmit, 04/30にacceptという切れのいい数字も気に入っています。レビュアーのコメントに対応した結果、論文はより良いものになりました。レビュアーの方々に感謝するとともに、自分もこういうコメントができるように成長したいなと思います。また、研究所の後輩が、論文が出たお祝いで一緒に(ちょっといい)ご飯を食べに行ってくれました。彼女たちが学位をとる時には、京都のかなりいいところで祝いたおしたいと思います。
PAPER INFO

Title Chemical cleavage-assisted tryptic digestion for membrane proteome analysis.

Authors Iwasaki M, Masuda T, Tomita M, Ishihama Y
Journal Journal of proteome research, June, 2009
内容
大腸菌などの原核生物が持つタンパク質配列はシステインを多く含んでいます。しかし、システイン残基を切断する消化酵素は存在していません。ここでは、化学的にシステイン残基を切断する反応を最適化した結果、大腸菌のタンパク質同定効率を向上することができました。
感想
岩崎が修士1年生の時に初めて出した論文です。石濱先生の指導の下、論文としてまとめるのはかなり大変なんだなと思いました。まずは序章で読み込まないといけない論文の数に唖然としました。そして、リバイス実験が(その当時の自分にとっては)かなりきつく、山形県鶴岡市の寒い冬の中、1か月間ほぼラボで生活していました。ちょうどリバイス実験終盤の午前3時頃に自転車で帰っていたら、車で追いかけられて怖い思いをしたため、「真夜中に帰ったりしない」と固く心に誓いました。
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