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日本京都大学が権利者となって出願していたiPS細胞に関する特許が、2008年9月に1件（特許第4183742号）ならびに2009年12月に2件（特許第4411362号および特許第4411363号）、日本で成立しております。また、分割出願を通じて順次権利が成立し始めております。現時点での代表的な成立特許の権利範囲の概要は、次の通りです。
| 特許第4183742号 | 4種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、c-Myc、及びSox2）を体細胞に導入する工程を含む、iPS細胞の製造方法。 |
| 特許第4411362号 | 3種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、及びSox2）を体細胞に導入し、bFGFの存在下で培養する工程を含む、iPS細胞の製造方法。 |
| 特許第4411363号 | 3種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、及びSox2）を体細胞に導入し、bFGFの存在下で培養、もしくは4種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、c-Myc、及びSox2）を体細胞に導入しiPS細胞を製造する工程、及びこのiPS細胞を分化誘導する工程を含む、体細胞の製造方法。 |
| 特許第5098028号 | （A）特定のOctファミリー遺伝子、Klfファミリー遺伝子、Mycファミリー遺伝子およびSoxファミリー遺伝子（注1）を体細胞に導入する、iPS細胞の製造方法。 （ただし、初期化される体細胞において、前記遺伝子のいずれかが発現している場合には、その遺伝子は導入する遺伝子から除いてもよい） （B） 特定のOctファミリー遺伝子、Klfファミリー遺伝子およびSoxファミリー遺伝子（注1）が導入された体細胞を、増殖因子bFGFの存在下で培養する、iPS細胞の製造方法。 （ただし、初期化される体細胞において、前記遺伝子のいずれかが発現している場合には、その遺伝子は導入する遺伝子から除いてもよい） （C） 前記（A）または（B）に記載の製造方法によりiPS細胞を製造し、分化誘導する、分化細胞を製造する方法。 |
＊注1：特定の遺伝子ファミリー
・Octファミリー：Oct3/4
・Klfファミリー：Klf2、Klf4
・Mycファミリー：c-Myc、N-Myc、L-Myc、T58A（c-Mycの変異遺伝子）
・Soxファミリー：Sox1、Sox2、Sox3、Sox15、Sox17
特許法の規定により、これらの方法により製造された細胞にもその権利が及びます。特許権利期間は、いずれも出願日である2006年12月6日から20年間です。尚、京都大学のiPS細胞関連特許は、iPSアカデミアジャパン株式会社が管理し、特許権の実施許諾を行っています。
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海外京都大学が権利者となって出願していたiPS細胞に関する特許が、欧州、ユーラシア、シンガポール、南アフリカ、ニュージーランド、イスラエル、メキシコ、オーストラリア、香港及び米国で成立しています。欧州及び米国での特許の範囲は次の通りです。
| US8,048,999 | Octファミリー、Klfファミリー及びMycファミリーの遺伝子を含む初期化因子。
Octファミリー及びKlfファミリーの遺伝子ならびにサイトカインを含む初期化因子。 |
| US8,058,065 | 3種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、及びSox2）をレトロウイルスにより体細胞に導入し、フィーダー細胞上あるいは細胞外マトリクス上でES細胞培養条件と同様の培養条件にて培養する工程を含む、iPS細胞の製造方法。
4種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、Sox2、及びc-Myc）をレトロウイルスにより体細胞に導入し、フィーダー細胞上あるいは細胞外マトリクス上でES細胞培養条件と同様の培養条件にて培養する工程を含む、iPS細胞の製造方法。 |
| US8,129,187 | 3種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、及びSox2）をレトロウイルスにより体細胞に導入し、フィーダー細胞上あるいは細胞外マトリクス上でES細胞培養条件と同様の培養条件にて培養することでiPS細胞を製造する工程、及びこのiPS細胞を分化誘導する工程を含む、体細胞の製造方法。
4種の遺伝子（Oct3/4、Klf4、Sox2、及びc-Myc）をレトロウイルスにより体細胞に導入し、フィーダー細胞上あるいは細胞外マトリクス上でES細胞培養条件と同様の培養条件にて培養することでiPS細胞を製造する工程、及びこのiPS細胞を分化誘導する工程を含む、体細胞の製造方法。 |
| US8,278,104 | 哺乳動物の体細胞に、Oct3/4, Sox2, Klf4の3遺伝子をレトロウイルスベクターで導入し、サイトカインの存在下で培養する、iPS細胞の作製方法。 |
| EP1970446 | Octファミリー、Klfファミリー及びMycファミリーの遺伝子又は遺伝子産物を含む初期化因子。 Octファミリー及びKlfファミリーの遺伝子又は遺伝子産物、ならびにサイトカインを含む初期化因子。 |
※Octファミリーとは、Oct3/4、Oct1A、Oct6などの類似遺伝子を指します。
Klfファミリーとは、Klf4,Klf1,Klf5などの類似遺伝子を指します。
Mycファミリーとは、C-Myc、L-Myc、N-Mycなどの類似遺伝子を指します。
サイトカインとは、bFGF、SCF、LIFなどの分泌たんぱく質を指します。
Sox2など記載のない因子は入っていても入っていなくても特許権の範囲に含まれます。
iPS細胞研究から創出された特許を管理するために、CiRA知的財産管理室が中心となり、京都大学産官学連携本部や京大iPS細胞関連特許の実施権を許諾するiPSアカデミアジャパン株式会社と連携を図っています。
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